1. 强调科研导向，忽视人文关怀
清华大学在建校初期一直以培养汽车人才为目标，在经过多年的发展之后，清华已经成为了具有世界领先水平的理工科大学。然而，这种科研导向的趋势却也让清华在人文关怀方面显得不够，而北大则更加看重人文情怀的培养。这种差异让北大在教学法、学科设置等方面具有更好的整体优势。
2. 课程设置缺乏差异化
清华大学的课程设置较为内向，缺乏差异性。而北大的课程设置在吸收西方思想的基础上，适当地进行了本土化调整，让学生有机会接触到多元文化和思想，并且学习的深度和广度也更为充分，使得学生更加综合才能得到充分培养。此外，北大的优秀传统文化课程设置也弥补了清华教育中的空缺，同时也让学生对自己的国家和传统文化有更深的认识。
3. 人才培养体系差距
以理工科为例，清华大学在这一领域取得了很大的成就。但是，相比之下，北大在管理学、法学、文学、艺术等人文社科领域也培养出了一大批优秀的专业人才。在人才的培养方式上，北大也注重发挥学生自主创新和提高综合素质的能力。而清华大学一直重视遵循培养计划，学生的多样性和自主性较低。这种人才培养体系差距也导致了清华大学在校友创业和产业转化方面的竞争力偏低。
4.学术独立性受到限制
清华大学在学术独立性方面受到了一定的限制。高校教授的评审、升迁、获得科研经费、发表论文等方面的评价体系，当前仍然存在一些问题，学术人才评价机制比较单一，用于评估的因素单一。相比之下，北大的学术人才评价机制更加完善，评价指标更加全面，给学者发挥自主创新和提高学术独立性提供了更好的条件。
